合肥市金融工作办公室于2009年3月成立，为市政府直属参公管理事业单位。主要职责如下：
（一）贯彻执行国家有关金融工作的方针、政策和法律法规,落实省、市政府关于金融方面的工作部署；拟订全市金融业的发展中长期规划；拟订全市金融行业服务、促进金融行业发展的意见和政策建议。
（二）统筹管理协调地方金融工作，管理合肥科技农村商业银行等地方金融机构；负责协调驻肥金融监管机构及银行、证券、保险等驻肥金融机构与政府间关系，并做好相关服务工作；组织金融机构支持地方经济发展年度考核工作。
（三）负责全市信用担保机构的初审、报批以及行业管理，统筹全市担保体系建设；指导担保协会开展行业自律工作。
（四）负责加快推进我市资本市场发展，培育上市资源，推进企业上市工作；创业风险投资资金投向建议、使用评估和退出协调工作。
（五）负责全市小额贷款公司的初审、报批和监管；管理全市小额贷款公司协会，推进行业自律管理。
（六）负责全市企业融资的服务协调工作，会同相关部门组织开展银企对接活动；建立信息共享平台，配合相关部门推进金融行业诚信环境建设。
（七）参与编制企业债券、短期融资券、中期票据等有价证券发行计划等工作；协同有关部门做好全市租赁机构和典当机构的行业管理工作。
（八）会同有关部门防范、化解和处置全市金融风险；协同有关部门做好打击非法集资、非法证券买卖和反洗钱、反假币工作等。
（九）承办市委、市政府交办的其他事项。
目前，合肥市金融工作办公室内设4个处室，分别为综合处、银行处、资本市场处、地方金融监管处。